Il Consiglio è l’organo esecutivo della Federazione. Si riunisce almeno 6 volte all’anno e ad esso spetta la conduzione degli affari correnti e dell’amministrazione. Al Consiglio spetta l’esecuzione delle delibere dell’Assemblea per il perseguimento degli scopi della Federazione; gestisce il rapporto di lavoro con i dipendenti, il funzionamento degli uffici e dei servizi; amministra il patrimonio della FCEI, predispone i bilanci da sottoporre all’approvazione annuale dell’Assemblea, riceve e istruisce le domande di ammissione alla FCEI da sottoporre all’approvazione dell’Assemblea. Eletto ogni tre anni a maggioranza dall’Assemblea, il Consiglio si compone del Presidente e di sei consiglieri. I membri del Consiglio attualmente in carica, eletti dalla XX Assemblea, sono: Richard Kofi Ampofo (metodista), Maria Antonietta Caggiano (luterana), Peter Ciaccio (metodista), Libero Ciuffreda (valdese), Sara Comparetti (battista), Luca Longo (Esercito della Salvezza).