L’Assemblea è l’organo deliberativo della Federazione. Si riunisce due volte all’anno, in primavera e in autunno, ed è composta da 25 componenti aventi diritto di voto e nominati ogni tre anni dalle chiese membro a norma dei propri ordinamenti , nel numero e secondo la ripartizione stabilita dall’Assemblea in base alla consistenza numerica. L’attuale Statuto FCEI assegna 8 seggi ai valdesi, 4 ai metodisti, 4 ai battisti, 4 ai luterani, 2 all’Esercito della Salvezza, 1 alle chiese libere, 1 alla Chiesa apostolica italiana, 1 alla S. Andrew’s Church of Scotland. Partecipano alle sedute con voce consultiva: 1 rappresentante di ogni chiesa membro aderente, 1 rappresentante della Federazione donne evangeliche in Italia (FDEI), 1 rappresentante della Federazione giovanile evangelica in Italia (FGEI), i Segretari dei Servizi FCEI, il Consiglio, il Collegio dei Revisori e un rappresentante di ogni Federazione regionale. L’Assemblea determina le linee generali e i programmi di lavoro della FCEI, ogni tre anni ne elegge il Consiglio, il Presidente e il Collegio dei revisori; esamina e approva i bilanci presentati dal Consiglio, stabilisce l’entità dei contributi che i membri versano annualmente alla FCEI; delibera, su proposta del Consiglio, l’ammissione o l’esclusione di membri effettivi o aderenti alla FCEI; delibera modifiche statutarie.