La Federazione delle chiese evangeliche in Italia (FCEI) è un organismo caratterizzato fin dalla sua costituzione da una chiara vocazione ecumenica. Secondo il proprio Statuto, la FCEI ha tra i suoi scopi manifestare l'unità della fede fondata sullo studio della Parola di Dio, e curare i contatti con altri organismi a base interdenominazionale ed ecumenica. Questa dimensione ecumenica è prima di tutto rivolta al variegato mondo evangelico italiano, in quanto struttura aperta e al servizio di tutto l'evangelismo italiano. La FCEI collabora a vari livelli con le chiese evangeliche non federate, in modo particolare attraverso la Commissione delle chiese evangeliche per i rapporti con lo Stato (CCERS). A livello interconfessionale, il presidente della FCEI, insieme al presidente dell’Ufficio nazionale per l’ecumenismo e il dialogo interreligioso (UNEDI) della Conferenza episcopale italiana (CEI) e al metropolita della Sacra arcidiocesi ortodossa in Italia, firma ogni anno la presentazione del materiale in lingua italiana della Settimana di preghiera per l’unità dei cristiani. Insieme alla CEI e alla Sacra arcidiocesi ortodossa d’Italia, la FCEI è stata promotrice dei Convegni ecumenici internazionali tenutesi ad Assisi nel 1999 sul tema del Padre nostro; a Viterbo nel 2003 sulle Beatitudini; a Terni nel 2006 sulla Carta ecumenica, e a Siracusa nel 2009 in occasione dell’Anno paolino. La Federazione sostiene, inoltre, la cooperativa Com Nuovi Tempi, che pubblica il mensile di dialogo ecumenico e interreligioso Confronti. A livello internazionale la FCEI fa parte della Conferenza delle chiese europee (KEK) e partecipa annualmente all’incontro dei Consigli nazionali di chiese presenti in diversi paesi europei. La FCEI è inoltre membro della Commissione delle chiese per i migranti in Europa (CCME).